ÚAPP Brno, v.v.i. má brněnské ústředí, kde se náchází ředitelství, hospodářské oddělení, úsek odborných a technických pracovníků, laboratoř, odborný archiv a knihovna. Detašovaná pracoviště jsou v Kroměříži, Prostějově, Vyškově a ve Znojmě.
Ředitel - Mgr. Michal Přichystal
Statutární a dozorčí orgány:
Rada Ústavu archeologické památkové péče Brno, v.v.i.
- Rada ÚAPP Brno, v.v.i. byla zvolena shromážděním vědeckých pracovníků dne 30. 3. 2022 pro pětileté období.
- předseda Rady ÚAPP Brno, v.v.i.
Mgr. Andrea Matějíčková
- místopředseda Rady ÚAPP Brno, v.v.i.
PhDr. Pavel Fojtík
- tajemník Rady ÚAPP Brno, v.v.i.
Mgr. Michal Přichystal
- interní členové
PhDr. Pavel Fojtík
Mgr. Andrea Matějíčková
Mgr. Michal Přichystal
Mgr. Dagmar Vachůtová, Ph.D.
- externí členové
doc. Mgr. Ondřej Chvojka, Ph.D.
doc. PhDr. Luboš Jiráň, CSc.
PhDr. Karol Pieta, DrSc.
Dozorčí rada Ústavu archeologické památkové péče Brno, v.v.i.
- Dozorčí rada ÚAPP Brno, v.v.i. byla jmenována RJMK v roce 2022 na pětileté období.
- předseda Dozorčí rady ÚAPP Brno, v.v.i.
Mgr. Petr Fedor
- místopředseda Dozorčí rady ÚAPP Brno, v.v.i.
Ing. Jiří Němec
- členové
Mgr. Petr Fedor
PhDr. Filip Havlíček
Mgr. Andrea Matějíčková
Ing. Jiří Němec
Ing. Alena Opatřilová